Bukonių pagrindinės mokyklos istorija prasidėjo 1921 metais.
Pirmosios žinios apie Ukmergės apskrities Panoterių valsčiaus Bukonių pradedamąją mokyklą dokumentuose randamos nuo 1921 m. sausio 17 d.
1921 metais Bukonių pradedamojoje mokykloje mokėsi 32 mokiniai.
 |  |
 |  |
Mokykla veikė 1584 metais pastatytame dvare.
1922 m. vasario mėn. duomenimis, Ukmergės apskrities Panoterių valsčiaus Bukonių pradžios mokykloje veikė 1 komplektas, mokėsi 46 mokiniai.
Dokumentuose nurodoma, kad tais metais iš Bukonyse gyvenusių 1235 gyventojų 188 vaikai buvo mokyklinio amžiaus. Mokyklą lankė ketvirtadalis mokyklinio amžiaus vaikų.
Bukonių pradžios mokykla veikė iki 1949 m. Per 15 jos veiklos metų ( nuo 1934 - 1949 metų), Bukonių pradinės mokyklos 4 skyrius baigė 198 mokiniai.
1949 metais Bukonių pradinė mokykla reorganizuota į Bukonių septynmetę mokyklą.
Bukonių mokykla dar ne kartą keitė savo pavadinimą. Nuo 1960 metų ji - Bukonių aštuonmetė mokykla. 1960 - 1961 m.m. direktorius A. Rozenbergas ir 6 mokytojai mokinius mokė 14 mokomųjų dalykų. Bukonių aštuonmetės mokyklos veikla truko 26 metus. Per šį laikotarpį keitėsi mokytojai, mokyklos direktoriai, mokykla išleido gausų būrį baigiamųjų klasių mokinių - 513 mokinių.
Septynmetei ir aštuonmetei mokykloms vadovavo šie direktoriai: Anicetas Valeika, Vincas Bazys, Aldona Kuliešytė - Garnienė, Vytautas Baravykas, Augustas Rozenbergas, Stasė Šimelienė, Aldona Banevičienė, Ignas Prelgauskas, Elena Aukštuolytė, Danutė Šimkienė, Stanislovas Bernikas, Elena Tuzovienė.
Elena Tuzovienė mokyklai vadovauja nuo 1978 metų.
1980 m. rugsėjo 1 dieną Bukonių aštuonmetė mokykla iš senųjų pastatų kaimo pakraštyje persikelia į naująją mokyklą gyvenvietės centre. Naujosios mokyklos duris pravėrė 122 mokiniai ir 15 mokytojų.
Plačiau su mokyklos istorija susipažinti galima 2012 m., mokyklos 90 mečio proga išleistoje knygoje "Bukonių mokyklos istorija".
